【分析】(I)推导出 $P A \perp C D, A D \perp C D$ ,由此能证明 $C D \perp$ 平面 $P A D$ .
(II)以 $A$ 为原点,在平面 $A B C D$ 内过 $A$ 作 $C D$ 的平行线为 $x$ 轴,$A D$ 为 $y$ 轴,$A P$ 为 $z$轴,建立空间直角坐标系,利用向量法能求出二面角 $F-A E-P$ 的余弦值.
(III)求出 $\overrightarrow{\mathrm{AG}}=\left(\frac{4}{3}, 0, \frac{2}{3}\right)$ ,平面 $A E F$ 的法向量 $\vec{\Pi}=(1,1,-1), \overrightarrow{\mathrm{m}} \cdot \overrightarrow{\mathrm{AG}}=0$ ,从而直线 $A G$ 在平面 $A E F$ 内.
【解答】证明:(I)$\because P A \perp$ 平面 $A B C D, \therefore P A \perp C D$ ,
$\because A D \perp C D, \quad P A \cap A D=A$,
$\therefore C D \perp$ 平面 $P A D$ .
解:(II)以 $A$ 为原点,在平面 $A B C D$ 内过 $A$ 作 $C D$ 的平行线为 $x$ 轴,
$A D$ 为 $y$ 轴,$A P$ 为 $z$ 轴,建立空间直角坐标系,
$A(0,0,0), E(0,1,1), F\left(\frac{2}{3}, \frac{2}{3}, \frac{4}{3}\right)$ ,
$P(0,0,2), B(2,-1,0)$,
$\overrightarrow{\mathrm{AE}}=(0,1,1), \overrightarrow{\mathrm{AF}}=\left(\frac{2}{3}, \frac{2}{3}, \frac{4}{3}\right)$ ,
平面 $A E P$ 的法向量 $\overrightarrow{\mathrm{n}}=(1,0,0)$ ,
设平面 $A E F$ 的法向量 $\overrightarrow{\mathrm{\pi}}=(x, y, z)$ ,
则 $\left\{\begin{array}{l}\overrightarrow{\mathrm{m}} \cdot \overrightarrow{\mathrm{AE}}=\mathrm{y}+\mathrm{z}=0 \\ \overrightarrow{\mathrm{~m}} \cdot \overrightarrow{\mathrm{AF}}=\frac{2}{3} \mathrm{x}+\frac{2}{3} \mathrm{y}+\frac{4}{3} \mathrm{z}=0\end{array}\right.$, 取 $x=1$, 得 $\overrightarrow{\mathrm{m}}=(1,1,-1)$ ,
设二面角 $F-A E-P$ 的平面角为 $\theta$ ,
则 $\cos \theta=\frac{|\vec{m} \cdot \vec{n}|}{|\vec{m}| \cdot|\vec{n}|}=\frac{1}{\sqrt{3}}=\frac{\sqrt{3}}{3}$ .
∴ 二面角 $F-A E-P$ 的余弦值为 $\frac{\sqrt{3}}{3}$ .
(III)直线 $A G$ 在平面 $A E F$ 内,理由如下:
∵ 点 $G$ 在 $P B$ 上,且 $\frac{\mathrm{PG}}{\mathrm{PB}}=\frac{2}{3} . \therefore G\left(\frac{4}{3},-\frac{2}{3}, \frac{2}{3}\right)$ ,
$\therefore \overrightarrow{\mathrm{AG}}=\left(\frac{4}{3},-\frac{2}{3}, \frac{2}{3}\right)$,
∵ 平面 $A E F$ 的法向量 $\vec{\pi}=(1,1,-1)$ ,
$\overrightarrow{\mathrm{m}} \cdot \overrightarrow{\mathrm{AG}}=\frac{4}{3}-\frac{2}{3}-\frac{2}{3}=0$,
故直线 $A G$ 在平面 $A E F$ 内.

【点评】本题考查线面垂直的证明,考查二面角的余弦值的求法,考查直线是否在已知平面内的判断与求法,考查空间中线线、线面、面面间的位置关系等基础知识,考查推理能力与计算能力,属于中档题.