(1)证明:
因为 $A_{1}A=A_{1}C=AC$,所以 $\triangle A_{1}AC$ 为等边三角形.
又 $E$ 为 $AC$ 的中点,所以 $A_{1}E \perp AC$.
因为平面 $A_{1}ACC_{1} \perp$ 平面 $ABC$,平面 $A_{1}ACC_{1} \cap$ 平面 $ABC = AC$,且 $A_{1}E \subset$ 平面 $A_{1}ACC_{1}$,
所以 $A_{1}E \perp$ 平面 $ABC$.
因为 $BC \subset$ 平面 $ABC$,所以 $A_{1}E \perp BC$.
在三棱柱 $ABC-A_{1}B_{1}C_{1}$ 中,$A_{1}B_{1} // AB$.
因为 $\angle ABC = 90^{\circ}$,即 $AB \perp BC$,所以 $A_{1}B_{1} \perp BC$.
又 $A_{1}E \cap A_{1}B_{1} = A_{1}$,$A_{1}E, A_{1}B_{1} \subset$ 平面 $A_{1}B_{1}E$,
所以 $BC \perp$ 平面 $A_{1}B_{1}E$.
因为 $F$ 是 $A_{1}B_{1}$ 的中点,所以 $F \in A_{1}B_{1}$,即 $EF \subset$ 平面 $A_{1}B_{1}E$.
所以 $EF \perp BC$.
(2)解:
由(1)知 $A_{1}E \perp$ 平面 $ABC$,且 $A_{1}E \perp AC$.
如图,在平面 $ABC$ 内过点 $E$ 作 $Ex \perp AC$,以 $E$ 为坐标原点,分别以 $\overrightarrow{Ex}, \overrightarrow{EC}, \overrightarrow{EA_{1}}$ 的方向为 $x$ 轴、$y$ 轴、$z$ 轴的正方向建立空间直角坐标系 $E-xyz$.
设 $AC=2$,则 $AE=EC=1$.
因为 $\triangle A_{1}AC$ 为等边三角形,所以 $A_{1}A=2, A_{1}E=\sqrt{3}$.
在 Rt$\triangle ABC$ 中,$\angle BAC=30^{\circ}, AC=2$,所以 $BC=1, AB=\sqrt{3}$.
过 $B$ 作 $BD \perp AC$ 于 $D$,则 $BD = \frac{AB \cdot BC}{AC} = \frac{\sqrt{3}}{2}$.
$AD = \sqrt{AB^2 - BD^2} = \sqrt{3 - \frac{3}{4}} = \frac{3}{2}$.
因为 $E$ 为 $AC$ 中点,$AE=1$,所以 $D$ 在 $E, C$ 之间,且 $ED = AD - AE = \frac{1}{2}$.
所以 $B$ 点坐标为 $(\frac{\sqrt{3}}{2}, \frac{1}{2}, 0)$.
各点坐标如下:
$E(0,0,0), A(0,-1,0), C(0,1,0), A_{1}(0,0,\sqrt{3})$.
$\overrightarrow{AB} = (\frac{\sqrt{3}}{2}, \frac{3}{2}, 0)$.
由 $\overrightarrow{A_{1}B_{1}} = \overrightarrow{AB}$,得 $B_{1}(\frac{\sqrt{3}}{2}, \frac{3}{2}, \sqrt{3})$.
因为 $F$ 为 $A_{1}B_{1}$ 的中点,所以 $F(\frac{\sqrt{3}}{4}, \frac{3}{4}, \sqrt{3})$.
所以 $\overrightarrow{EF} = (\frac{\sqrt{3}}{4}, \frac{3}{4}, \sqrt{3})$.
设平面 $A_{1}BC$ 的法向量为 $\vec{n}=(x,y,z)$.
$\overrightarrow{CB} = (\frac{\sqrt{3}}{2}, -\frac{1}{2}, 0), \overrightarrow{CA_{1}} = (0, -1, \sqrt{3})$.
由 $\begin{cases} \vec{n} \cdot \overrightarrow{CB} = 0 \\ \vec{n} \cdot \overrightarrow{CA_{1}} = 0 \end{cases}$,得 $\begin{cases} \frac{\sqrt{3}}{2}x - \frac{1}{2}y = 0 \\ -y + \sqrt{3}z = 0 \end{cases}$.
取 $x=1$,则 $y=\sqrt{3}, z=1$.
所以平面 $A_{1}BC$ 的一个法向量为 $\vec{n}=(1, \sqrt{3}, 1)$.
设直线 $EF$ 与平面 $A_{1}BC$ 所成角为 $\theta$.
$\sin \theta = |\cos \langle \overrightarrow{EF}, \vec{n} \rangle| = \frac{|\overrightarrow{EF} \cdot \vec{n}|}{|\overrightarrow{EF}| |\vec{n}|}$.
$\overrightarrow{EF} \cdot \vec{n} = \frac{\sqrt{3}}{4} \times 1 + \frac{3}{4} \times \sqrt{3} + \sqrt{3} \times 1 = \frac{\sqrt{3}}{4} + \frac{3\sqrt{3}}{4} + \sqrt{3} = 2\sqrt{3}$.
$|\overrightarrow{EF}| = \sqrt{(\frac{\sqrt{3}}{4})^2 + (\frac{3}{4})^2 + (\sqrt{3})^2} = \sqrt{\frac{3}{16} + \frac{9}{16} + 3} = \sqrt{\frac{12}{16} + 3} = \sqrt{\frac{15}{4}} = \frac{\sqrt{15}}{2}$.
$|\vec{n}| = \sqrt{1^2 + (\sqrt{3})^2 + 1^2} = \sqrt{5}$.
所以 $\sin \theta = \frac{2\sqrt{3}}{\frac{\sqrt{15}}{2} \times \sqrt{5}} = \frac{4\sqrt{3}}{\sqrt{75}} = \frac{4\sqrt{3}}{5\sqrt{3}} = \frac{4}{5}$.
因为 $\theta \in [0, \frac{\pi}{2}]$,所以 $\cos \theta = \sqrt{1 - \sin^2 \theta} = \sqrt{1 - (\frac{4}{5})^2} = \frac{3}{5}$.
即直线 $EF$ 与平面 $A_{1}BC$ 所成角的余弦值为 $\frac{3}{5}$.