(I)证明:
延长 $AD, BE, CF$ 相交于点 $K$。
因为三棱台 $ABC-DEF$ 中,平面 $BCFE \perp$ 平面 $ABC$,且交线为 $BC$,
又 $\angle ACB = 90^{\circ}$,即 $AC \perp BC$,且 $AC \subset$ 平面 $ABC$,
所以 $AC \perp$ 平面 $BCFE$(即平面 $BCK$)。
因为 $BF \subset$ 平面 $BCK$,所以 $AC \perp BF$。
在梯形 $BCFE$ 中,$EF // BC$,$BE=EF=FC=1$,$BC=2$。
由平行线分线段成比例定理可知,$\triangle KEF \sim \triangle KBC$,且相似比为 $\frac{EF}{BC} = \frac{1}{2}$。
所以 $E, F$ 分别为 $KB, KC$ 的中点,即 $KC = 2FC = 2$,$KB = 2BE = 2$。
又 $BC=2$,所以 $\triangle KBC$ 为等边三角形。
因为 $F$ 为 $KC$ 的中点,所以 $BF \perp KC$(即 $BF \perp CK$)。
综上,$BF \perp AC$,$BF \perp CK$,且 $AC \cap CK = C$,$AC, CK \subset$ 平面 $ACFD$,
所以 $BF \perp$ 平面 $ACFD$。
(II)解:
由(I)知 $BF \perp$ 平面 $ACFD$,
所以 $DF$ 是直线 $BD$ 在平面 $ACFD$ 上的射影,
故 $\angle BDF$ 即为直线 $BD$ 与平面 $ACFD$ 所成的角。
在 Rt$\triangle BFD$ 中,我们需要计算 $BF$ 和 $DF$ 的长度。
1. 计算 $BF$:
在等边 $\triangle KBC$ 中,边长为 2,$BF$ 为中线(也是高),
所以 $BF = \sqrt{BC^2 - FC^2} = \sqrt{2^2 - 1^2} = \sqrt{3}$。
2. 计算 $DF$:
因为三棱台的上下底面平行,即平面 $DEF //$ 平面 $ABC$,
所以 $DF // AC$。
又 $F$ 为 $KC$ 中点,所以在 $\triangle KAC$ 中,$DF$ 为中位线,
所以 $DF = \frac{1}{2} AC = \frac{1}{2} \times 3 = \frac{3}{2}$。
3. 计算余弦值:
在 Rt$\triangle BFD$ 中,$\angle BFD = 90^{\circ}$,
$BD = \sqrt{BF^2 + DF^2} = \sqrt{(\sqrt{3})^2 + (\frac{3}{2})^2} = \sqrt{3 + \frac{9}{4}} = \sqrt{\frac{21}{4}} = \frac{\sqrt{21}}{2}$。
所以 $\cos \angle BDF = \frac{DF}{BD} = \frac{\frac{3}{2}}{\frac{\sqrt{21}}{2}} = \frac{3}{\sqrt{21}} = \frac{3\sqrt{21}}{21} = \frac{\sqrt{21}}{7}$。
即直线 $BD$ 与平面 $ACFD$ 所成角的余弦值为 $\frac{\sqrt{21}}{7}$。