(1)证明:
因为 $M, N$ 分别为 $BC, B_1C_1$ 的中点,且侧面 $BB_1C_1C$ 是矩形,
所以 $MN // BB_1$。
又在三棱柱中 $AA_1 // BB_1$,所以 $AA_1 // MN$。
因为 $\triangle ABC$ 是正三角形,$M$ 为 $BC$ 中点,所以 $BC \perp AM$。
因为侧面 $BB_1C_1C$ 是矩形,所以 $BC \perp BB_1$。
又 $MN // BB_1$,所以 $BC \perp MN$。
因为 $AM \cap MN = M$,且 $AM, MN \subset$ 平面 $A_1AMN$,
所以 $BC \perp$ 平面 $A_1AMN$。
因为 $B_1C_1 // BC$,所以 $B_1C_1 \perp$ 平面 $A_1AMN$。
又 $B_1C_1 \subset$ 平面 $EB_1C_1F$,
所以平面 $EB_1C_1F \perp$ 平面 $A_1AMN$。
(2)解:
由(1)知 $BC \perp$ 平面 $A_1AMN$。
因为 $AA_1 // MN$ 且 $AA_1 = BB_1 = MN$,所以四边形 $AA_1NM$ 是平行四边形,故 $AM // A_1N$。
因为 $O$ 是正 $\triangle A_1B_1C_1$ 的中心,$N$ 是 $B_1C_1$ 中点,所以 $O$ 在 $A_1N$ 上。
又 $P$ 在 $AM$ 上,所以 $AP // ON$。
因为 $AO //$ 平面 $EB_1C_1F$,平面 $A_1AMN$ 过 $AO$ 且与平面 $EB_1C_1F$ 交于 $NP$($P, N$ 均在两平面内),
根据线面平行的性质定理,可得 $AO // NP$。
结合 $AP // ON$,可知四边形 $AONP$ 是平行四边形。
所以 $NP = AO = 6$,$AP = ON$。
在正 $\triangle A_1B_1C_1$ 中,边长 $A_1B_1 = AB = 6$,$N$ 为 $B_1C_1$ 中点,
所以高 $A_1N = 6 \times \frac{\sqrt{3}}{2} = 3\sqrt{3}$。
因为 $O$ 为中心,所以 $ON = \frac{1}{3} A_1N = \sqrt{3}$。
所以 $AP = \sqrt{3}$。
又 $AM = A_1N = 3\sqrt{3}$,所以 $PM = AM - AP = 2\sqrt{3}$。
因为 $BC // EF$(由 $B_1C_1 // BC$ 及面面交线性质可得),$BC \not\subset$ 平面 $EB_1C_1F$,
所以 $BC //$ 平面 $EB_1C_1F$。
所以点 $B$ 到平面 $EB_1C_1F$ 的距离等于点 $M$ 到平面 $EB_1C_1F$ 的距离。
由(1)知平面 $EB_1C_1F \perp$ 平面 $A_1AMN$,交线为 $NP$。
所以 $M$ 到平面 $EB_1C_1F$ 的距离 $h$ 等于 $M$ 到直线 $NP$ 的距离。
在 $\triangle MPN$ 中,$PM = 2\sqrt{3}$,$PN = 6$,$\angle MPN = \frac{\pi}{3}$。
所以 $h = PM \cdot \sin \angle MPN = 2\sqrt{3} \times \frac{\sqrt{3}}{2} = 3$。
接下来求四边形 $EB_1C_1F$ 的面积。
因为 $EF // BC$,所以 $\triangle AEF \sim \triangle ABC$。
$\frac{EF}{BC} = \frac{AP}{AM} = \frac{\sqrt{3}}{3\sqrt{3}} = \frac{1}{3}$。
所以 $EF = \frac{1}{3} BC = 2$。
又 $B_1C_1 = 6$,$EF // B_1C_1$,所以四边形 $EB_1C_1F$ 是梯形。
由(1)知 $B_1C_1 \perp$ 平面 $A_1AMN$,而 $NP \subset$ 平面 $A_1AMN$,
所以 $B_1C_1 \perp NP$。即 $NP$ 是梯形的高。
$S_{EB_1C_1F} = \frac{1}{2} (EF + B_1C_1) \cdot NP = \frac{1}{2} (2 + 6) \times 6 = 24$。
所以四棱锥 $B-EB_1C_1F$ 的体积:
$V = \frac{1}{3} S_{EB_1C_1F} \cdot h = \frac{1}{3} \times 24 \times 3 = 24$。